Kościół mariacki posiadał organy praktycznie od zaraz, a dokładniej mówiąc od końca wieku czternastego. Obecne organy główne to efekt licznych modernizacji instrumentu, który pojawił się na początku dziewiętnastego stulecia i wykonany został przez jednego z krakowskich mistrzów. W roku 1908 miejsce miała jego gruntowna przebudowa w oparciu o ducha romantycznego. Nowy instrument, posiadał możliwość wydobycia czterdziestu sześciu różnych głosów, dzięki czemu był jednym z najnowocześniejszych instrumentów w całej ówczesnej Galicji. W latach pięćdziesiątych organy były rozbudowywane i ma to miejsce praktycznie do dzisiaj, ostatnia większa modernizacja miała miejsce pod koniec dwudziestego wieku, gdzie wybudowany został częściowo nowy instrument, z tego też powodu wykonywanie na nim muzyki barokowej będzie obecnie raczej uciążliwym i trudnym.
