Trzy najważniejsze huby Lufthansy to Frankfurt nad Menem, Monachium oraz Dusseldorf. Bez wątpienia największe znaczenie ma baza we Frankfurcie. Jest to główny węzeł przesiadkowy dla wszystkich Europejskich pasażerów Lufthansy. To stąd odbywają się prawie wszystkie loty międzynarodowe. To tu odbywa się przeładunek, załadunek i rozładunek maszyn Lufthansa Cargo. To tu stacjonują i są serwisowane niemal wszystkie samoloty z floty Lufthansy, Lufthansy Cityline i Lufthansy Regional. Tu też mieści się centrum operacyjne grupy. W Monachium mieści się główna siedziba firmy jako organizacji. To centrum finansowe i rozliczeniowe.
