Grudziądz bardzo szybko trafił pod władanie Niemiec, bo już we wrześniu 1939, kilka dni od rozpoczęcia wojny. Niemcy wykorzystywali fortyfikację przede wszystkim w roli poligonu doświadczalnego, a oprócz tego znajdowały się tutaj także ich magazyny. W momencie kiedy jednak zaczynał zbliżać się front ze strony wschodu, wtedy Hitler ustanawia całe miasto twierdzą z rozkazem bronienia jej do końca. W tym celu utworzone zostały nowe pasy obrony, zewnętrzny i wewnętrzny, do których dołączone były forty warownego obozu. Trzonem całego oporu miała być właśnie centralna cytadela. Grudziądz więc od samego początku przygotowany był na ataki od wschodu, niestety jednak poszczególne systemy fortyfikacyjne były już postarzałe. Oddziały niemieckie uległy więc w końcu i schroniły się w cytadeli. Brak szans na zwycięstwo i odparcie ataku spowodował, że szóstego marca podpisany został akt kapitulacyjny.
