W 1807 sytuacja zaczęła robić się coraz bardziej nieciekawa, przede wszystkim dlatego, że polskie kompanie piechoty zaczęły zbliżać się coraz bliżej Grudziądza. Pododdziały te stanowiły osłonę polskiego zgrupowania Henryka dąbrowskiego. W momencie pojawienia się polskich wojsk dowództwo twierdzy zaczęło cierpieć z powodu coraz częstszych dezercji polaków, potwierdzona jest ucieczka kilku podoficerów oraz grupy żołnierzy. Pojawienie się w okolicznym Wielkim Lubeniu kolejnych polskich oddziałów wpłynęło tylko na spotęgowanie się dezercji. Wkrótce okolice całego Grudziądza zaczęły być obstawiane przez polskie oddziały, widać było, że Polacy przygotowują się do szturmu. W końcu udaje się zdobyć Grudziądz, jednak zdobycie samej cytadeli zakończyło się fiaskiem. Cały czas jednak oblegano fortyfikację, siły polaków były zbyt słabe, dodatkowo nie posiadły praktycznie artylerii, bezpośredni szturm był więc niemożliwy. Ograniczano się głównie do sporadycznych pojedynków na cięższą broń. W trakcie nich ucierpiało bardziej samo miasto niż któraś ze stron. Dużą zmianę przyniosła panująca w mieście epidemia, która w roku 1807 zabrała ze sobą ponad siedmiuset żołnierzy broniących twierdzy. Liczba zmarłych atakujących jest natomiast do dzisiaj nie znana, przypuszcza się, jednak, że mogło to być maksymalnie dwustu żołnierzy. W momencie kiedy wiadomo było, że Gdańsk upadnie, cała armia oblężnicza przesunięta została pod Grudziądz i przygotowywano się do ostatecznego szturmu, na kilka dni przed jego rozpoczęciem doszło jednak do zawieszenia broni.
