Nad prezbiterium rozpostarte jest bardzo ciekawe sklepienie gwiaździste, które datowane jest na pierwszą połowę piętnastego wieku. Na zwornikach żeber umieszczone zostały dodatkowo herby rzeczpospolitej, Krakowa oraz biskupa krakowskiego z tego okresu, który był głównym fundatorem pierwszej świątyni znajdującej się właśnie na tym miejscu. W niszach przyściennych ustawione zostały posągi najważniejszych proroków, od Jeremiasza, poprzez Dawida, aż do Jonasza oraz Izajasza. Ściany zdobione są przez polichromię datowaną na ostatnią dekadę wieku dziewiętnastego – ich twórcą był nie kto inny jak sam Jan Matejko. Po obu stronach prezbiterium ustawione są ciekawie prezentujące się Stelle nakryte dodatkowo baldachimami. Wykonane zostały w wieku szesnasty, a następnie zmodernizowane w kolejnym stuleciu. Całe prezbiterium zakończone jest apsydą, która oddziela je od reszty kościoła. Wykonana została ona w brązie, w postaci balustrady z dwiema bramkami wejściowymi. Każdy z elementów prezbiterium powstawał więc praktycznie w innym czasie, rozpoczynając od wieku piętnastego aż po praktycznie początki ubiegłego stulecia, widać tutaj więc połączenie różnorodnych stylów i koncepcji architektonicznych. Najważniejszym elementem jest jednak ołtarz główny, który dedykowany jest NMP i wykonany został pod koniec wieku piętnastego przez Wita Stwosza, który jest jednym z najbardziej popularnych polskich artystów tego właśnie okresu.
