Opierając się o przekazy i teksty Jana długosza uznać można, że pierwszy z kościołów w stylu romańskim na terenie Krakowa ufundowany został przez jednego z lokalnych biskupów jeszcze w wieku trzynastym i stanął na miejscu świątyni drewnianej. Kilkadziesiąt lat później na starcy fundamentach wzniesiony został kościół halowy w stylu wczesnogotyckim, który konsekrowano po dwudziestu latach budowy. Prace kontynuowane były jeszcze jednak w kolejnych dekadach czternastego wieku. Kolejne lata i zdobycie nowych funduszy pozwoliło na wybudowanie prezbiterium, które znajduje się w świątyni do dzisiaj. Koniec wieku czternastego to z kolei prace polegające na lepszym doświetleniu wnętrza świątyni. Obniżone zostały mury bocznych naw, a w częściach centralnych wprowadzono duże, okienne otwory. W takowy sposób czysto halowy układ świątyni przekształcił się w ten charakterystyczny bardziej dla bazyliki. Pierwsza połowa wieku piętnastego to kolejne modernizacje, dobudowane zostały między innymi boczne kaplice. Większość z nich byłą dziełem ówczesnego mistrza, a mianowicie Franciszka Wiechonia. W czasie tym także podwyższona została jedna z wież, wieża północna, przystosowana do pełnienia w ramach potrzeby funkcji miejskiej strażnicy. Wiek osiemnasty to okres kiedy zajęto się gruntownym przerobieniem wnętrza świątyni, wzorując się na architekturze późnego baroku. Wymienionych zostało wtedy prawie trzydzieści ołtarzy, cały sprzęt, wyposażenie kościoła, obrazy, a ściany ozdobione zostały polichromią.
